Oddelenie hygieny výživy, bezpečnosti potravín a kozmetických výrobkov plní úlohy v oblasti verejného zdravotníctva v ochrane, podpore a rozvoji verejného zdravia v súvislosti so zdravou výživou obyvateľstva, metódami a podmienkami maximálneho priblíženia výživy fyziologickému optimu, ktoré je možné dosiahnuť v konkrétnych podmienkach životného a pracovného prostredia.
Vykonáva štátny zdravotný dozor v potravinárskych prevádzkach, prioritne v zariadeniach spoločného stravovania a v prevádzkach súvisiacich s výrobou a umiestňovaním kozmetických výrobkov na trh. Zároveň plní úlohy orgánu verejného zdravotníctva v oblasti úradnej kontroly potravín a materiálov určených na styk s potravinami podľa osobitných predpisov. Uvedené realizuje predovšetkým koordinačnou, kontrolnou a vyhodnocovacou činnosťou, koncepčnou a normotvornou iniciatívou všetkých typov a smerov humánnej výživy, bezpečnosti potravín zákonom vymedzeného rozsahu, pokrmov a nápojov pripravovaných v zariadeniach spoločného stravovania, materiálov, určených na styk s potravinami a kozmetických výrobkov.