Pokiaľ nie sú dodržané limitné hodnoty najmä mikrobiologických ukazovateľov kvality pitnej vody, môžu sa vodou šíriť predovšetkých pôvodcovia črevných nákaz (gastroenteritída, brušný týfus, bakteriálna dyzentéria, cholera, antrax, leptospiróza, vírusová hepatitída A, enterovírusy, parazitárne ochorenia a i.). Prevarením vody mikroorganizmy zničíme.
Nebezpečné môžu byť aj zvýšené koncentrácie chemických látok, ktoré môžu spôsobiť akútne poškodenie organizmu alebo pri dlhodobom príjme chronické ochorenia. Zdravotné riziko predstavujú dusičnany, pesticídy, ropné produkty, ťažké kovy (olovo, arzén, ortuť, nikel, kyanidy a tak ďalej) prípadne vedľajšie produkty dezinfekcie. Ide totiž o toxické látky, ktoré sú karcinogénne, prípadne môžu mať súvis s problémami s reprodukciou a vývojom plodu, kardiovaskulárnymi ochoreniami, astmami atď. Vo verejných vodovodoch tieto ukazovatele nebývajú prekročené.
Problematické z hľadiska kvality sú najmä vlastné studne, v ktorých sú často zvýšené koncentrácie dusičnanov a dusitanov. Tieto látky sú vo vyšších koncentráciách a dlhodobom príjme spôsobujú karcinogénne ochorenia, poruchy trávenia, endokrinného systému a imunity. Veľmi nebezpečné s možnými smrteľnými následkami je požitie pitnej vody (obsiahnutej aj strave) s vysokým obsahom dusičnanov a dusitanov u detí do 1 roka. Môže dôjsť k detskej dusičnanovej methemoglobiménii, inak povedané k modraniu a uduseniu dieťaťa. Voda so zvýšenými koncentráciami uvedených zlúčenín nie je vhodná ani na pitie a prípravu stravy tehotných a dojčiacich žien. Častým problémom vlastných studní je aj nevyhovujúca mikrobiologická kvalita.
Na druhej strane nie každé prekročenie ukazovateľa kvality vody má priamy zdravotný dopad a predstavuje ohrozenie zdravia. Napríklad železo a mangán, ktoré väčšinou pochádzajú z geologického podložia, majú limity stanovené s ohľadom na ovplyvnenie senzorických vlastností vody. Ich zvýšené koncentrácie nie sú považované za zdravotne významné.