Podrobný opis aktivít

Odbor lekárskej mikrobiológie

Odbor LM zabezpečuje najmä tieto činnosti

  • vykonáva  nadstavbovú mikrobiologickú diagnostiku vybraných nákaz, zavádza a aplikuje nové progresívne molekulárno-biologické metódy do laboratórnej praxe, v zmysle nových diagnostických štandardov odporúčaných SZO a ECDC, čím  prispieva ku zvyšovaniu kvality preventívnych programov,
  • zabezpečuje v spolupráci s odborom epidemiológie realizáciu Imunizačného  programu v Slovenskej republike a vykonáva celoslovenskú laboratórnu  surveillance chrípky a chrípke podobných ochorení, poliomyelitídy a poliomyelitídu napodobňujúcich ochorení (ACHO),  meningokokových invazívnych infekcií, salmonelóz, osýpok, rubeoly, parotitídy, arbovírusov a hemoragických horúčok, vedie celoslovenskú databázu rezistencie mikroorganizmov na antibiotiká,
  • podieľa sa na riešení programov a projektov verejného zdravotníctva a prioritných úloh MZ SR,
  • zabezpečuje medzinárodnú spoluprácu vrátane požadovaných analýz a hlásení do regionálnych pracovísk špecifických sietí EÚ a SZO,
  • metodicky a odborne usmerňuje a koordinuje ostatné regionálne úrady verejného   zdravotníctva v SR pri plnení celoštátnych aj medzinárodných programov  v ochrane a podpore zdravia,
  • realizuje úlohy a odporúčania SZO a EK pri eliminácii, eradikácii a kontrole závažných infekčných ochorení,
  • zabezpečuje prípravu bunkových kultúr pre spolupracujúce pracoviska na RÚVZ so sídlom v  Banskej Bystrici a Košiciach,
  • poskytuje odborné informácie, konzultácie a  školiace akcie v diagnostických metódach,
  • zabezpečuje prezentáciu výsledkov práce jednotlivých NRC formou prednášok, publikácií a účasťou na odborných podujatiach, organizovaním Konzultačných dní.

Činnosť jednotlivých pracovísk odboru:

NRC pre poliomyelitídu zabezpečuje najmä tieto činnosti

  • surveillance poliomyelitídy a poliomyelitídu napodobňujúcich ochorení (ACHO),
  • sledovanie cirkulácie poliovírusov (PV)  a non-polio enterovírusov (NPEV) vo vonkajšom prostredí,
  • vykonáva izoláciu a identifikáciu vírusových izolátov v rámci surveillance poliomyelitídy, polomyelitídu napodobňujúcich ochorení,
  • vykonáva izoláciu a identifikáciu vírusových izolátov v rámci environmentálnej surveillance,
  • zabezpečuje vyšetrovanie biologického materiálu od pacientov so širokým spektrom klinických diagnóz izoláciou na bunkových kultúrach,
  • zabezpečuje enterovírusovú (EV) surveillance v západoslovenskom regióne,
  • zabezpečuje laboratórnu nadstavbovú diferenciálnu diagnostiku vírusových hepatitíd A, B, C,
  • zabezpečuje laboratórnu nadstavbovú diagnostiku vírusových infekcií gastrointestinálneho traktu- Rotavírusy, Adenovírusy, Norovirusy (Norwalk-like), Astrovírusy imunochromatografickými metódami, enzýmovou imunoanalýzou a PCR,
  • vykonáva dôkaz sekrečných a včasných protilátok proti EV infekciám metódou EIA a dôkaz vírusneutralizačných protilátok voči EV,
  • sleduje imunitný stav populácie v danej problematike (imunologické prehľady),
  • zavádza nové metodiky do laboratórnej praxe podľa odporúčaní Regionálneho referenčného laboratória  v Helsinkách a Regionálnej úradovne SZO v Kodani,
  • vykonáva kontrolu citlivosti bunkových substrátov na referenčné poliovírusové kmene používaných v pokuse o izoláciu vírusov a kontrolu bunkových substrátov na prítomnosť kontaminácie mykoplazmami,
  • plní všetky úlohy vyplývajúce z odporučení Európskej certifikačnej komisie ECC- Intenzifikácia globálnych polioeradikačných aktivít  SZO,
  • spolupracuje s Regionálnym referenčným laboratóriom SZO v Helsinkách a s Regionálnou úradovňou SZO v Kodani  o.i. aj formou pravidelných hlásení v programe Laboratory data managment systém (LDMS),
  • zasiela izoláty poliovírusov a netypizovateľných  cytopatických agens na intratypovú diferenciáciu (ITD) do RRL v Helsinkách,
  • spolupracuje s národnými referenčnými laboratóriami v Európskej oblasti SZO,
  • zúčastňuje sa na realizácii úloh SZO vyplývajúcich z Akčného plánu laboratórneho uchovávania divých   poliovírusov v Euroregióne SZO,
  • zúčastňuje sa medzinárodnej kontroly kvality práce organizovanej SZO,
  • metodicky vedie a koordinuje prácu spolupracujúcich virologických laboratórií na báze RÚVZ so sídlom v Banskej Bystrici a v Košiciach,
  • vykonáva externú kontrolu kvality laboratórnej práce pre spolupracujúce pracoviská na báze RÚVZ so sídlom v Banskej Bystrici a v Košiciach,
  • zabezpečuje konzultačnú a publikačnú činnosť a prezentáciu na ústavných, celoštátnych a zahraničných podujatiach.

NRC pre chrípku zabezpečuje najmä tieto činnosti

  • metódou izolácie vírusov na bunkových kultúrach monitoruje výskyt  cirkulujúcich  kmeňov vírusu chrípky v populácii a identifikuje ich na úroveň typov, subtypov a variantov
  • molekulárno-biologickými metódami zabezpečuje dôkaz nukleovej kyseliny vírusu chrípky a vybraných respiračných vírusov
  • zabezpečuje diagnostiku špecifických protilátok proti vírusu chrípky typu A, vírusu chrípky typu B, respiračnému syncyciálnemu vírusu, vírusu parachrípky sérotypov 1, 2 a 3, adenovírusu a vírusu lymfocytárnej choriomeningitídy,
  • vykonáva sérologickú diagnostiku nevírusových agensov: Chlamydia psittaci, Coxiella burnetii a Mycoplasma pneumoniae,
  • zúčastňuje sa medzinárodnej kontroly kvality laboratórnej práce,
  • testuje nové súpravy pre diagnostiku, overuje a navrhuje nové metodiky a pracovné postupy,
  • spolupracuje s Referenčným laboratóriom SZO v Londýne,
  • je stálym členom európskej pracovnej skupiny pre chrípku EISN pri ECDC, s ktorou aktívne spolupracuje,
  • metodicky vedie pracoviská zaoberajúce sa diagnostikou chrípky v RÚVZ Banská Bystrica a RÚVZ Košice,
  • organizuje externú kontrolu kvality laboratórnej práce pre pracoviská v RÚVZ Banská Bystrica a RÚVZ Košice
  • participuje na odborných projektoch (domácich či zahraničných),
  • spolupracuje so SZO na celosvetovom programe surveillance chrípky,
  • poskytuje laboratórne údaje formou pravidelných hlásení do sietí SZO a EÚ (ECDC, EISN),
  • poskytuje odborné informácie zainteresovaným inštitúciám v rámci SR.

NRC pre morbilli, rubeolu a parotitídu zabezpečuje najmä tieto činnosti

  • vykonáva sérologickú diferenciálnu diagnostiku exantémových ochorení,
  • zabezpečuje vyšetrovanie biologických vzoriek na dôkaz nukleovej kyseliny vírusu osýpok, rubeoly a parotitídy testom PCR pri  podozrení na uvedené ochorenia,
  • vykonáva izoláciu uvedených vírusov na bunkových kultúrach a v spolupráci s Regionálnym referenčným laboratóriom SZO pre osýpky a rubeolu (RKI-Berlín) sa podieľa na bližšej identifikácií izolovaných kmeňov z hľadiska genotypovej príslušnosti,
  • vykonáva surveillance osýpok, rubeoly a parotitídy v SR,
  • zabezpečuje imunologické prehľady  u vybraných skupín obyvateľstva v danej problematike,
  • aktívne sa zúčastňuje na procese eliminácie osýpok vo svete a monitoruje kongenitálny rubeolový syndróm,
  • vykonáva konfirmovanie pozitívnych výsledkov laboratórnych vyšetrení vykonaných v  spolupracujúcich laboratóriách na regionálnej úrovni,
  • odborne a metodicky vedie laboratóriá na regionálnej úrovni,
  • zabezpečuje pravidelnú externú kontrolu kvality vyšetrení vykonaných v týchto laboratóriách,
  • vykonáva metodickú, konzultačnú a expertíznu činnosť,
  • plní úlohy vyplývajúce z členstva v sieti  národných referenčných laboratórií  pre surveillance osýpok a rubeoly SZO pre Európu,
  • úzko spolupracuje s Regionálnym referenčným laboratóriom SZO.

NRC pre meningokoky zabezpečuje najmä tieto činnosti

  • vykonáva komplexnú laboratórnu diagnostiku kmeňov meningokokov (N. meningitidis) izolovaných na území SR, s dôrazom na monitoring kmeňov spôsobujúcich invazívne ochorenia,
  • zavádza nové progresívne genotypizačné metódy zamerané na rýchlu a presnú laboratórnu diagnostiku,
  • priebežne zasiela komplexné identifikačné charakteristiky invazívnych kmeňov prostredníctvom internetu do systému EMERT (European Meningococcal Epidemiology in Real Time),
  • spolupracuje v Európskej laboratórnej sieti pre invazívne bakteriálne ochorenia IBD-labnet a v EMGM,
  • pripravuje laboratórne podklady pre epidemiologickú a mikrobiologickú surveillance meningokokových infekcií v SR a pre európsky surveillance systém (TESSY),
  • konzultačne a metodicky usmerňuje pracovníkov zainteresovaných v problematike meningokokových ochorení,
  • vedie databázu všetkých relevantných údajov o meningokokových ochoreniach a udržiava zbierku kmeňov izolovaných na území SR.

NRC pre sledovanie rezistencie mikroorganizmov na antibiotiká zabezpečuje najmä tieto činnosti

  • vykonáva expertíznu činnosť spočívajúcu v hodnotení výskytu bakteriálnej rezistencie na antibiotiká s ohľadom na používanie antibakteriálnych liečiv,
  • organizuje, odborne zabezpečuje a vyhodnocuje  pravidelnej štvrťročnej externej kontroly v laboratóriách klinickej mikrobiológie, zaradených do siete zdravotníckych zariadení v SR,
  • vytvára celoštátnu databázu údajov o rezistencii, ich spracovanie a prezentácia na internetovej stránke http//www.snars.sk -  Národný informačný systém pre sledovanie rezistencie na antibiotiká,
  • zabezpečuje a vykonáva špecializované vyšetrenia ,
  • zavádza nové metódy a postupy do laboratórnej praxe.

NRC pre salmonelózy zabezpečuje najmä tieto činnosti

  • zabezpečuje laboratórne podklady a koordinuje surveillance salmonelóz v SR,
  • vykonáva nadstavbovú a špecializovanú diagnostiku kmeňov salmonel izolovaných z klinického materiálu z hľadiska sérotypizácie  a testovania rezistencie na antibiotiká,
  • verifikuje identifikáciu a sérotypizáciu salmonel izolovaných z potravín a z vonkajšieho prostredia,
  • spolupracuje s odborom hygieny výživy a pracoviskami mikrobiológie životného prostredia RÚVZ v SR v oblasti sledovania zdravotnej bezpečnosti potravín,
  • udržiava zbierku špecifických typových kmeňov salmonel na ďalšie fenotypizačné a génotypizačné vyšetrenia, na detekciu a identifikáciu premeňov nákazy, faktorov prenosu a ciest šírenia salmonelóz,
  • zavádza nové progresívne molekulárno-biologické metódy zamerané na rýchlu laboratórnu diagnostiku,
  • vykonáva metodickú, konzultačnú a expertíznu činnosť,
  • vykonáva externú kontrolu kvality laboratórnej práce - typizácie Salmonella spp. v diagnostických laboratóriách v SR,
  • spolupracuje v  medzinárodných sieťach pre surveillance salmonelóz (ECDC, GSS) v programoch detekcie, identifikácie a riešení chorôb z potravín,
  • participuje v medzinárodných sieťach pre surveillance salmonelóz (ECDC a Global Salmonella Surveillance).

NRC pre arbovírusy a hemoragické horúčky zabezpečuje najmä tieto činnosti

  • vykonáva sérologickú diagnostiku kliešťovej encefalitídy, ako aj konfirmáciu  sporných výsledkov pre iné pracoviská,
  • vykonáva sérologickú diagnostiku hemoragických horúčok s renálnym syndrómom spôsobených Hantavírusmi (Puumala a Hantaan/Dobrava),
  • vykonáva imunologické prehľady u vybraných skupín obyvateľstva,
  • sumarizuje laboratórne výsledky a epidemiologické údaje pre európsku pracovnú skupinu EVD-LabNet,
  • zúčastňuje sa externej kontroly kvality laboratórnej práce organizovanej EVD-LabNet.

Laboratórium molekulárnej diagnostiky zabezpečuje najmä tieto činnosti

  • spolupracuje s národnými referenčnými centrami a molekulárno-biologickými metódami prispieva k skvalitneniu laboratórnej diagnostiky,
  • realizuje metódy molekulárnej biológie na detekciu pôvodcov infekčných ochorení (meningokoky, salmonely, Norovírusy, Astrovírusy, Rotavírusy, vírusy chrípky A, B, respiračných vírusov),
  • zabezpečuje PCR a sekvenčné metódy na bližšiu charakterizáciu izolovaných kmeňov,
  • metódou PCR vykonáva kontrolu bunkových kultúr na prítomnosť kontaminácie mykoplazmami,
  • realizuje metódy na zistenie klonálnej príbuznosti izolovaných mikroorganizmov (PFGE, MLST),
  • zúčastňuje sa externej kontroly kvality laboratórnej práce.

Laboratórium bunkových kultúr zabezpečuje najmä tieto činnosti

  • zabezpečuje prípravu kvalitných a štandardných bunkových substrátov  pre nadstavbovú mikrobiologickú diagnostiku vybraných nákaz vírusovej etiológie pre NRC laboratória ÚVZ SR a laboratóriá zriadené na báze RÚVZ so sídlom v Banskej Bystrici a so sídlom v Košiciach, čo významnou mierou prispieva k štandardnosti, porovnateľnosti a reprodukovateľnosti výsledkov virologických vyšetrení v rámci uvedených pracovísk,
  • udržiava a priebežne rozširuje zbierku bunkových kultúr získaných zo spolupracujúcich laboratórií v rámci celosvetového programu SZO zameraného na eradikáciu, elimináciu a kontrolu celospoločensky závažných infekčných ochorení,
  • optimalizuje podmienky kultivácie in- vitro pri dodržiavaní štandardných podmienok z hľadiska špecifických, rastových a kultivačných požiadaviek jednotlivých bunkových línií,
  • poskytuje odborné informácie, konzultácie a zaškolenia v oblasti udržiavania a pasážovania bunkových kultúr v podmienkach in-vitro a ich uplatnenia vo virológii.

Laboratórium so stupňom biologickej bezpečnosti pre biofaktory 3 zabezpečuje najmä tieto činnosti

  • zabezpečuje preberanie a spracovávanie vzoriek z podozrivých rizikových zásielok a materiálov z vonkajšieho prostredia na diagnostiku vybratých nákaz so stupňom ochrany pre biofaktor 3 (BOZP je zabezpečená používaním prostriedkov OPP),
  • zabezpečuje screeningové laboratórne vyšetrenie možnej prítomnosti spór Bacillus anthracis, prípadne iných vybraných biologických agens bakteriálnej a vírusovej etiológie a detekciu prítomnosti génov pre tvorbu toxínov Bacillus anthracis,
  • v laboratórnom diagnostickom procese spolupracuje, komunikuje a konzultuje s Informačným centrom pre biozbrane v RÚVZ so sídlom v Banskej Bystrici.

Úsek zabezpečenia laboratórnych a sanitárnych činností zabezpečuje

  • centrálny príjem materiálu na OLM,
  • internú kontrolu laboratórií a pracovísk OLM,
  • prípravu živných pôd, médií a roztokov pre OLM a OOFŽP,
  • prípravu sterilného laboratórneho skla a zdravotníckeho materiálu pre OLM a OOFŽP,
  • deštrukciu bakteriologického a virologického infekčného materiálu z OLM a OOFŽP,
  • sanitárne práce v laboratóriách a priestoroch OLM.

Programy a projekty Odboru lekárskej mikrobiológie

  • Číslo úlohy: 6.7
  • Názov úlohy: Environmentálna  surveillance  poliomyelitídy  a  sledovanie  VDPV
  • Pracovisko, ktoré sa podieľa na plnení úlohy: NRC pre poliomyelitídu
  • Číslo úlohy: 8.2
  • Názov úlohy: Diferenciálna diagnostika respiračných ochorení
  • Pracovisko, ktoré sa podieľa na plnení úlohy: NRC pre chrípku
  • Číslo úlohy: 8.6
  • Názov úlohy: Diagnostika exantémových ochorení
  • Pracovisko, ktoré sa podieľa na plnení úlohy: NRC pre morbilli, rubeolu a parotitídu

Organizačné členenie odboru lekárskej mikrobiológie

 Odbor lekárskej mikrobiológie sa organizačne člení na:

Národné referenčné centrá:

  • NRC pre chrípku,
  • NRC pre poliomyelitídu,
  • NRC pre meningokoky,
  • NRC pre morbilli, rubeolu a parotitídu,
  • NRC pre sledovanie rezistencie mikroorganizmov na antibiotiká,
  • NRC pre salmonelózy,
  • NRC pre arbovírusy a hemoragické horúčky.

Špecializované laboratóriá:

  • Laboratórium molekulárnej diagnostiky,
  • Laboratórium bunkových kultúr,
  • Laboratórium so stupňom biologickej bezpečnosti pre biofaktory 3

Úsek zabezpečenia laboratórnych a  sanitárnych činností

  • Centrálny príjem materiálu,
  • Prípravovňa kultivačných pôd a roztokov,
  • Deštrukcia infekčného materiálu a príprava laboratórneho skla a zdravotníckeho materiálu pre bakteriológiu,
  • Deštrukcia infekčného materiálu a príprava laboratórneho skla a zdravotníckeho materiálu pre virológiu,
  • Sanitárne práce v laboratóriách a ostatných priestoroch odboru LM.

 

Prehľad zastúpenia NRC v EU a WHO sieťach pre surveillance prenosných ochorení

  • NRC pre chrípku (Mgr. Edita Staroňová, PhD.)
    názov siete: European Influenza Surveillance Network, EISN
    hlásenie do informačného systému:
    The European Surveillance System - TESSY (ECDC),
    WHO/Europe influenza surveillance - EUROFLU (WHO)
    nadnárodné laboratórium: NIMR World Influenza Centre, Londýn  (WHO)
  • NRC pre poliomyelitídu (Mgr. et Mgr. Katarína Patuchová)
    názov siete: Polio Laboratory Network WHO European Region
    hlásenie do informačného systému: Laboratory Data Management System -  LDMS
    nadnárodné laboratórium: Regional Reference Laboratory Helsinki, Finland
  • NRC pre meningokoky (RNDr. Anna Kružlíková)
    názov siete: European Invasive Bacterial Diseases labnet - EU-IBD labnet
    ​​​​​​European Meningococcal Disease Society - EMGM
    hlásenie do informačného systému: European Meningococcal Epidemiology in Real Time  - EMERT The European Surveillance System - TESSY (ECDC)
    Konzultačné  laboratórium: NRC pre meningokokové nákazy, Praha
  • NRC pre MMR (RNDr. Alexandra Polčičová)
    názov siete: European Regional Measles/Rubella Laboratory - WHO/EURO –EMRLN
    hlásenie do informačného systému: The Centralized Information System for Infectious Diseases - CISID
    nadnárodné laboratórium: NRC MMR Koch Institut, Berlín
  • NRC pre sledovanie rezistencie mikroorganizmov ATB (Doc. MUDr. Milan Nikš, CsC)
    hlásenie do informačného systému ECDC: EARS-Net-European Network of National
    Surveillance Systems on Antimicrobial Resistance for Publick Health Purposes,
    zber dát do národného informačného systému SNARS
  • NRC pre salmonelózy (MUDr. Dagmar Gavačová)
    názov siete: WHO Global Food Net GFN,
    hlásenie do informačného systému: GFN           
    Európska  sieť pre surveillance chorôb z potravín a vody ECD
    nadnárodné laboratórium: WHO-NHI Kodaň, Dánsko,
    ​​​​​​​WHO Collaborating Centre for Reference and Reasearch on Salmonella, Institute Pasteur, Paríž, Francúzsko,
    CDC Atlanta, Giorgia, USA,
    CRL pre Salmonely RIVM, Holandsko,
    HPA, Collindale Ave, Londýn, Veľká Británia
  • NRC pre arbovírusy a hemoragické horúčky (RNDr. Elena Tichá, PhD.)
    názov siete: European expert laboratory network for emerging viral diseases, EVD – LabNet.
    ​​​​​​​- zastúpenie a hlásenie do siete v spolupráci s Virologickým ústavom SAV